A Copagril Transportes é uma transportadora criada e administrada pela Copagril, que tem a finalidade principal de gerir, controlar e emitir conhecimentos sobre a atividade de transporte realizada com terceiros autônomos que prestam serviço para a Copagril. O setor de transportes da Copagril conta, atualmente, com uma frota de 35 veículos pesados, entre caminhões, camionetes, carretas e pá carregadeiras, sendo responsável por movimentar cargas de mercadorias e produtos nas transferências entre unidades, efetuadas pela Copagril.